In geval van ongecompliceerde acute gastro-enteritis zijn antibiotica in de regel niet geïndiceerd. Behandeling kan noodzakelijk zijn bij ernstige infecties, zowel bij immuuncompetente patiënten als bij immuungecompromitteerde patiënten en andere risicopatiënten. Het is dan ook belangrijk om rekening te houden met de resistenties tegen de meest gebruikte orale antibiotica.
Bij Campylobacter spp. blijft de resistentie tegen ciprofloxacine hoog (53%), zij het iets lager dan in 2018 (62%). Resistentie tegen azithromycine blijft beperkt (5%) en dit antibioticum blijft dus geschikt als empirische behandeling.