Bij persisterende klachten na behandeling moet zowel aan herinfectie als aan werkelijk therapiefalen, onder meer door resistentie, worden gedacht. De Belgische richtlijn adviseert bij persisterende symptomen 3 – 7 dagen na het einde van de behandeling een kweek van alle relevante anatomische locaties met gevoeligheidsbepaling. Is de kweek negatief, dan is een PCR aanbevolen 14 dagen na beëindiging van de behandeling.